Jusqu’à l’indépendance de 1956
Chrétien dès le VIe siècle, le Nord du Soudan connut jusqu’au XVIe siècle une islamisation et une arabisation progressives.
En 1821, le Soudan fut envahi par L’Egypte du pacha Mohammed Ali.
Soutenue par les Britanniques, l’Egypte imposa une centralisation autoritaire et l'arabisation du Sud.
Les populations noires étaient enlevées comme esclaves ou enrôlées dans l’armée. « La conquête du Soudan par les armées de Muhammad Ali était motivée par le désir maintes fois exprimé du vice-roi de "ramener des Nègres" pour son armée. Mais, à la différence des musulmans soudanais qui, même très métissés, furent très vite considérés comme "arabes" et pouvaient servir d'auxiliaires au pouvoir égyptien, les groupes animistes étaient regardés comme un réservoir d'esclaves. Par la suite, les régions marécageuses du Sud du pays furent explorées par une bande d'aventuriers aux origines internationales et furent l'objet de véritables campagnes saisonnières de chasse à l'homme. » (extrait du compte-rendu de la visite au Soudan du Groupe Sénatorial France-Soudan en juin 1998).
En 1882 éclata une révolte nationaliste : les disciples de Muhammad Ahmad Abd Allah, auto-proclamé « Mahdi » (« messie, imam caché ») prirent le contrôle du Nord du pays.
La situation intérieure se détériora sous le règne du Mahdi, puis du calife al-Taaisha, qui mena une lutte incessante contre les peuples nilotiques du Sud, annexant une partie de leurs territoires au Soudan égyptien. En 1896, les gouvernements britannique et égyptien lancèrent une offensive militaire contre le calife. Deux ans plus tard, un condominium anglo-égyptien fut instauré sur le Soudan.
Le Royaume-Uni apparut vite comme le véritable maître du pays. Il adopta une politique destinée à éviter les tensions entre le Nord et le Sud. En réalité, il se désintéressa du Sud, mais voulut néanmoins y assurer un minimum d’ordre au moindre coût possible. Le pouvoir était exercé en s'appuyant sur les chefferies locales : Londres laissait ses gouverneurs administrer la région à leur guise. Ceux-ci devinrent de véritables «bog barons» («barons des marais») qui régnaient en maître sans rendre vraiment de compte à leur gouvernement impérial.
Les premiers soulèvements éclatèrent dans le Sud en 1924.
Les Anglais décidèrent alors de mener une politique distincte au Nord et au Sud et empêchèrent tout contact entre les deux parties du pays. Cette politique des « closed districts » fut source de frustrations et de ressentiments.
1948 vit l’élection d’une assemblée législative dominée par les partis représentant le Nord du pays. Les députés exigèrent des deux puissances coloniales la création d’un gouvernement soudanais et dénoncèrent le condominium.
En 1951, Farouk d’Egypte se déclara unilatéralement roi du Soudan. Mais un an plus tard, il fut renversé par une junte militaire.
Dans la foulée, le Soudan se vit accorder le droit à l’autodétermination.
La mainmise nordiste sur le pouvoir provoqua les premiers affrontements civils.
Finalement en 1956, ce fut un gouvernement composé pour l’essentiel de représentants du Nord qui instaura la république « unitaire » du Soudan.
Celle-ci fut reconnue par les deux ex-puissances coloniales, et soutenue par l’URSS dans sa lutte contre le Sud sécessionniste.
Près de 40 ans de guerre civile
L’indépendance marqua le début d’une guerre civile meurtrière de près de 40 ans entre le Nord, arabe et musulman, et le Sud, peuplé de Noirs animistes et chrétiens.
Pendant cette période, le Soudan connut une alternance de périodes de démocratie et de dictature, ces dernières, beaucoup plus longues, survenant à la suite de coups d’état militaires.
La guerre civile connut une trêve de onze ans sous le régime militaire du général Nimeiri (1969-1985). Progressiste, soutenu par le parti communiste soudanais, Nimeiri ne souhaitait ni la sécession du Soudan du Sud ni la poursuite de la politique d’islamisation forcée qui avait fait la preuve de son inefficacité. Il créa un ministère des affaires du Sud, confié à des Sudistes de l’ethnie Dinka.
En 1972, l’accord d’Addis Abeba scella la paix entre le gouvernement et la rébellion sudiste.
Mais en 1983, Nimeiri prit des décisions défavorables au Sud (notamment l’instauration de la loi islamique -la « Charia »), qui entrainèrent une reprise de la guerre.
Si cela n’était pas suffisant, le pays vécut en 1988 une famine qui fit plus 250 000 victimes.
L’incapacité du gouvernement central à mettre un terme au conflit interne fut l’une des causes majeures du coup d’Etat en 1989, fomenté par le cheik Hassan Al-Tourabi, maître à penser de la classe dirigeante.
Le régime autoritaire du général Omar el Bachir fit de l’islamisation et de l’arabisation le fer de lance de sa politique, et l’appliqua systématiquement via le FNI (le Front National Islamique) dans les domaines politiques, judiciaires, exécutif, législatif, économique et social.
Le conflit n’était pas prêt de s’arrêter. Des conférences de paix, patronnées par les pays africains voisins, se réunissaient régulièrement sans résultats tangibles.
A l’orée du XXIè siècle, on estimait que 2,6 millions de personnes souffraient encore de famine au Soudan.
Dans les années 90, ce pays exsangue accueillit en outre des centaines de milliers de réfugiés des états voisins (Ethiopie, Erythrée, Tchad, Congo)…
Au final, la guerre civile provoqua plus de deux millions de morts, quatre à cinq millions de personnes déplacées, et presque autant de personnes réfugiées à l’étranger (en particulier dans les états voisins : l’Ethiopie, l’Ouganda et la République Démocratique du Congo).
Plus de la moitié des habitants du Sud durent quitter leur foyer. Les enfants (des garçons surtout), qui espéraient souvent rejoindre un parent hypothétique au Nord, essayaient de monter à Khartoum et quand ils y arrivaient vivants ou libres (l’esclavage était toujours d’actualité), ils y trouvaient la misère. 2 millions de personnes furent progressivement entassées de force dans des camps autour de la capitale, sans aucune infrastructure.
En 2003, un nouveau foyer de conflit a éclaté à l’Ouest du pays, dans la province du Darfour, provoquant un exode massif des populations soit vers le Tchad soit vers la capitale Khartoum, où ils venaient grossier les rangs des populations des camps.
En janvier 2005, un accord de paix entre le gouvernement de Khartoum et les indépendantistes du sud du Soudan mit fin à la plus longue guerre civile du XXè siècle.
Cependant les exactions se poursuivirent au Darfour, faisant encore des milliers de morts chaque année. Les victimes de ce qui fut qualifié de « génocide » par la communauté internationale furent estimées à 300 000 morts et 2,7 millions de déplacés.
Le point clef de l'accord de paix signé en 2005 était le référendum d’autodétermination du Sud prévu six ans plus tard.
En janvier 2011, quasiment 99% des Soudan du Sudais se prononcèrent pour l’indépendance.
La naissance du Soudan du Sud fut officiellement proclamée le 9 juillet 2011.